Il Consiglio di Amministrazione, CdA, è composto da sette componenti: dal Presidente e sei consiglieri. Quattro designati dal Presidente della Regione Lombardia, uno dal Ministero della salute, uno dal Sindaco di Milano ed uno dai soggetti Partecipanti, ove presenti. Nel caso non esistano soggetti Partecipanti la designazione è fatta dal Presidente della Regione Lombardia.

Il CdA esercita le funzioni di indirizzo e controllo.

In particolare esso ha il compito di:

• nominare, su indicazione del Presidente delle Regione Lombardia, sentito il Ministro competente in materia di Sanità, il Presidente della Fondazione scelto tra i componenti designati dal Presidente della Regione Lombardia, e il Direttore Generale, su indicazione del Presidente della Regione Lombardia;
• nominare i componenti del Comitato Tecnico-Scientifico;
• adottare i Regolamenti della Fondazione;
• approvare gli indirizzi strategici della Fondazione in sintonia con gli indirizzi generali della programmazione statale e regionale;
• approvare, su proposta del Direttore generale, il bilancio preventivo, il bilancio di esercizio ed il programma di attività e verificare l'attuazione di questo;
• controllare e monitorare, di norma tramite il Presidente e sulla base di apposite relazioni del Direttore Generale e del Direttore Scientifico, che l'attività di amministrazione e di gestione e di ricerca sia coerente con i programmi deliberati e si indirizzi verso risultati prefissati;
• deliberare l’acquisizione di eredità, legati, donazioni, altre liberalità e le modifiche patrimoniali;
• autorizzare il Presidente a promuovere azioni giudiziarie e/o a resistere in giudizio;
• approvare, su proposta del Direttore generale, il Piano di organizzazione aziendale per i dipartimenti e strutture complesse e adottare il piano delle assunzioni;
• approvare le convenzioni con le Università, su proposta del Direttore Generale, inerenti le scuole di specializzazione, nonchè le intese riguardanti collaborazioni istituzionali con le stesse;
• deliberare il compenso del Presidente e dei membri del Consiglio di Amministrazione, dei componenti del Collegio Sindacale e di quelli esterni del Comitato Tecnico Scientifico, nonchè gli emolumenti del Direttore Generale, del Direttore Scientifico, del Direttore Amministrativo e del Direttore Sanitario.
• approvare le modifiche statutarie;
• deliberare lo scioglimento dell'Ente e la devoluzione del patrimonio, qualora ricorrano le condizioni previste dalla normativa vigente;
• svolgere ogni ulteriore compito ad esso attribuito dallo Statuto della Fondazione;
• costituire una commissione paritetica, coordinata dal Direttore Generale, fra  Fondazione e Università con lo scopo di valutare e sviluppare tutte le aree di interesse comune;
• attribuire la qualifica di partecipante secondo quanto previsto dallo Statuto;
• deliberare la costituzione, lo scioglimento, le modalità e condizioni della partecipazione ad altri enti e società previa autorizzazione della Regione Lombardia;
• approvare programmi annuali e/o pluriennali sulla base dei quali la Fondazione svolge la sua attività;
• assegnare gli obiettivi aziendali annuali del Direttore Generale e del Direttore Scientifico e valutare il loro raggiungimento;
• nominare il responsabile della prevenzione della corruzione e per la trasparenza ai sensi della legge n. 190/2012 e del d.lgs. n. 150/2009.

L'attuale Consiglio di Amministrazione, salvo revoca per giusta causa, é in carica fino al 31 dicembre 2028.

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Segretario del Consiglio di Amministrazione

Il segretario del CdA ha funzione di coordinamento delle attività tecnico-operative del Presidente e del CdA e di raccordo funzionale tra il Presidente, il Consiglio di amministrazione e la Direzione Generale. 

È nominato dal Consiglio di amministrazione su indicazione del Presidente della Regione Lombardia.