Il Collegio Sindacale è nominato dal Direttore della Fondazione. È composto da tre membri così designati: uno dal Ministero dell’economia e delle finanze, uno dal Ministero della salute, e uno dal Presidente delle Regione Lombardia. I membri del Collegio restano in carica tre anni e sono confermabili.

Il Collegio è organo di controllo contabile della Fondazione e in particolare:

• verifica l’amministrazione della Fondazione sotto il profilo economico;
• vigila sull’osservanza della legge;
• accerta la regolare tenuta della scritture contabili e la conformità del bilancio alle risultanze dei libri e delle scritture contabili;
• effettua periodiche verifiche di cassa.

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L'attuale collegio sindacale è composto da:
 

dott. Enrico Lamanna 
Presidente Collegio
designato dal Ministero dell'Economia e delle Finanze 

dott.ssa Rosina Cichello
designato dal Ministero della Salute 

dott.  Stefano Brambilla 
designato con decreto del Presidente della Regione Lombardia