Attività didattica e matriale s.s. Bioinformatica e Biostatistica
Attività didattica
Il personale afferente alla struttura svolge attualmente attività didattica presso l’Università degli studi di Pavia (CdL in Scienze Biologiche, insegnamento di “Biometria e Laboratorio”). Negli anni precedenti il Dr. Verderio ha svolto attività didattica presso la Scuola di Specializzazione in Genetica Medica dell’Università degli Studi di Milano (corso di “Statistica Applicata Alla Genetica Medica”). Il gruppo svolge poi attività di tutoraggio e formazione universitaria/post-universitaria di studenti tirocinanti e di supervisione a tesi di laurea magistrali e dottorato in statistica o discipline affini.
Materiale
FCI
Descrizione
Algoritmo in linguaggio R per l'analisi statistica di dati derivanti da esperimenti di PCR real-time per la quantificazione assoluta di acidi nucleici.
Referenza
Verderio P et al. BMC Bionformatics, 2008; 9:13 (PDF)
Materiali scaricabili
La cartella compressa FCI.zip contiene i seguenti file:
- Guida all'utilizzo di FCI (Guida_utilizzo_FCI.pdf)
- Dataset di esempio (example_data.csv)
- Algoritmo FCI in linguaggio R (FCI_1_3.txt)
- Codice con i comandi per importare i dati, implementare l'algoritmo FCI e visualizzare i risultati (FCI_run.txt)
- Guida all'interpretazione dei risultati (Guida_interpretazione_risultati.pdf)
- Output prodotto dall'algoritmo FCI (FCI_output.pdf)
- Figura prodotta dall'algoritmo FCI (FCI_figura.pdf)
- Versioni precedenti dell'algoritmo (FCI_1_2.txt, FCI_1_1.txt)
NqA
Descrizione
Algoritmo in linguaggio R utile per l'identificazione di un ridotto numero di microRNA da utilizzare per la normalizzazione di dati derivanti da esperimenti di qPCR ad alta dimensionalità (high-throughput qPCR) in vista di futuri studi di validazione.
Referenza
Verderio P et al. Analytical Biochemistry, 2014
Materiali scaricabili
La cartella compressa NqA.zip contiene i seguenti file:
- Guida all'utilizzo di NqA e all'interpretazione dei risultati (userguide_NqA.pdf)
- Dataset di esempio (1.1Inputfile.dat, 1.2Inputfile.dat)
- Algoritmo NqA in linguaggio R (NqA_code.R)
- Codice con i comandi per importare i dati, implementare l'algoritmo NqA e visualizzare i risultati (NqA_output.pdf)
- Output prodotto dall'algoritmo NqA (NqA_output.pdf)
- Figura prodotta dall'algoritmo NqA (NqA_figura.pdf)
