L'attività è svolta in collaborazione con i vari Dipartimenti sperimentali e clinici dell'Istituto e con altre istituzioni scientifiche nell'ambito di progetti di ricerca nazionali ed internazionali.

Nel corso degli ultimi anni l'attività di ricerca è stata focalizzata prevalentemente sui seguenti aspetti:

• implementazione ed ottimizzazione di specifici algoritmi per l'analisi statistica di dati derivanti da piattaforme ad alta dimensionalità per l’identificazione di nuovi biomarcatori diagnostici, predittivi e prognostici in oncologia;
• sviluppo di approcci statistici innovativi per la validazione analitica e clinica di biomarcatori;
• pianificazione e analisi statistica di studi sperimentali atti all'identificazione delle fonti di variabilità (pre-analitiche, analitiche e post-analitiche)  implicate nelle determinazioni laboratoristiche di biomarcatori o in quelle diagnostico strumentali;
• identificazione e caratterizzazione di fattori genetici potenzialmente associati a specifiche neoplasie ereditario/familiari,  quali il tumore mammario e del colon-retto;
• identificazione di potenziali marcatori molecolari in pazienti pediatrici;
• supporto statistico-metodologico per il disegno e l'ottimizzazione di modelli sperimentali in vitro ed in vivo;
• implementazione di procedure di analisi statistica per la valutazione dei danni indotti da radioterapia in specifiche neoplasie quali i tumori celebrali pediatrici e quelli ginecologici;
• valutazione di nuovi approcci chemioterapici in oncologia in pazienti affetti da sarcomi (all’interno del progetto PROT ISG-GEIS STS 0101);
• collaborazione per la stesura di linee guida CEN/ISO per la fase pre-analitica per la determinazione di materiale genetico in diverse matrici biologiche e implementazione di controlli di qualità a livello europeo.
   

Elenco progetti attivi presso la struttura (PDF)

 

Formazione e Didattica

Il personale afferente alla struttura svolge attualmente attività didattica presso l’Università degli studi di Pavia (corso di “Biometria e Laboratorio”, laurea triennale in scienze biologiche). Negli anni precedenti il Dr. Verderio ha svolto attività didattica presso la Scuola di Specializzazione in Genetica Medica dell’Università degli Studi di Milano (corso di “Statistica applicata alla genetica medica”). Il gruppo svolge poi attività di tutoraggio e formazione universitaria/post-universitaria di studenti tirocinanti e di supervisione a tesi di laurea magistrali e dottorato in statistica o discipline affini.

FCI

Descrizione

Algoritmo in linguaggio R per l'analisi statistica di dati derivanti da esperimenti di PCR real-time per la quantificazione assoluta di acidi nucleici.

Referenza

Verderio P et al. BMC Bionformatics, 2008; 9:13 (PDF)

Materiali scaricabili

Download cartella compressa FCI.zip

La cartella compressa FCI.zip contiene i seguenti file:

1. Guida all'utilizzo di FCI (Guida_utilizzo_FCI.pdf)
2. Dataset di esempio (example_data.csv)
3. Algoritmo FCI in linguaggio R (FCI_1_3.txt)
4. Codice con i comandi per importare i dati, implementare l'algoritmo FCI e visualizzare i risultati (FCI_run.txt)
5. Guida all'interpretazione dei risultati (Guida_interpretazione_risultati.pdf)
6. Output prodotto dall'algoritmo FCI (FCI_output.pdf)
7. Figura prodotta dall'algoritmo FCI (FCI_figura.pdf)
8. Versioni precedenti dell'algoritmo (FCI_1_2.txt, FCI_1_1.txt)

 

NqA

Descrizione

Algoritmo in linguaggio R utile per l'identificazione di un ridotto numero di microRNA da utilizzare per la normalizzazione di dati derivanti da esperimenti di qPCR ad alta dimensionalità (high-throughput qPCR) in vista di futuri studi di validazione.

Referenza

Verderio P et al. Analytical Biochemistry, 2014

Materiali scaricabili

Download cartella compressa NqA.zip

La cartella compressa NqA.zip contiene i seguenti file:

1. Guida all'utilizzo di NqA e all'interpretazione dei risultati (userguide_NqA.pdf)
2. Dataset di esempio (1.1Inputfile.dat, 1.2Inputfile.dat)
3. Algoritmo NqA in linguaggio R (NqA_code.R)
4. Codice con i comandi per importare i dati, implementare l'algoritmo NqA e visualizzare i risultati (NqA_output.pdf)
5. Output prodotto dall'algoritmo NqA (NqA_output.pdf)
6. Figura prodotta dall'algoritmo NqA (NqA_figura.pdf)