Struttura Semplice Epigenomica Molecolare

Descrizione:

Responsabile: Manuela Gariboldi, PhD

Le principali aree di ricerca dell'Unità di Epigenomica Molecolare, del Dipartimento di Oncologia Sperimentale, riguardano la classificazione del cancro utilizzando sia geni che trascritti non codificanti per comprendere meglio il transcrittoma umano. In particolare, l’unità ha acquisito una solida e ben documentata esperienza nelle analisi omiche di geni e di microRNA nel cancro del colon-retto. Questo genere di analisi hanno permesso di identificare biomarcatori minimamente invasivi (biopsia liquida) legati al tumore che possono essere utilizzati per la dignosi precoce e/o la prognosi del cancro, anche a una più profonda comprensione della patogenesi molecolare del tumore al colon-retto.

Gli interessi dell'unità si sono recentemente estesi anche allo sviluppo di modelli 3D, in particolare di organoidi. Vengono generati organoidi dal cancro del colon-retto, da malattie del peritoneo (metastasi peritoneali da cancro del colon-retto e pseudomixoma peritoneo) e da corrispondenti tessuti normali, da utilizzare per identificare nuovi bersagli e sviluppare nuovi approcci terapeutici. In particolare, l'unità sta sviluppando modelli ingegnerizzati in 3D in cui organoidi derivati da metastasi peritoneali sono coltivati su impalcature naturali per integrare le caratteristiche chiave delle cellule tumorali e del loro microambiente circostante e determinare gli eventi molecolari che supportano la formazione della nicchia metastatica peritoneale. 


The main research areas of the Molecular Epigenomics Unit, of the Department of Experimental Oncology, are cancer classification using coding and non-coding transcripts to better understand the human transcriptome. In particular, the unit has gained extensive and documented expertise in omics analyses of genes and microRNA in colorectal cancer to identify minimally invasive (liquid biopsy) tumor-related biomarkers that can be used for early diagnosis and/or prognosis of cancer, while also contributing to a deeper understanding of the molecular pathogenesis of the disease.

The unit's interests have recently expanded to include the development of 3D models, particularly organoids. Organoids are generated from colorectal cancer, peritoneal diseases (colorectal cancer peritoneal metastases and pseudomyxoma peritonei) and corresponding normal tissues, to be used to identify new targets and develop novel therapeutic approaches. Specifically, the unit is developing 3D engineered models in which organoids derived from peritoneal metastases are grown on natural scaffolds to integrate key features of tumor cells and their surrounding microenvironment and determine the molecular events that support the formation of the peritoneal metastatic niche.

Struttura Semplice Epigenomica Molecolare

Responsabile: Manuela Gariboldi, PhD

Le principali aree di ricerca dell'Unità di Epigenomica Molecolare, del Dipartimento di Oncologia Sperimentale, riguardano la classificazione del cancro utilizzando sia geni che trascritti non codificanti per comprendere meglio il transcrittoma umano. In particolare, l’unità ha acquisito una solida e ben documentata esperienza nelle analisi omiche di geni e di microRNA nel cancro del colon-retto. Questo genere di analisi hanno permesso di identificare biomarcatori minimamente invasivi (biopsia liquida) legati al tumore che possono essere utilizzati per la dignosi precoce e/o la prognosi del cancro, anche a una più profonda comprensione della patogenesi molecolare del tumore al colon-retto.

Gli interessi dell'unità si sono recentemente estesi anche allo sviluppo di modelli 3D, in particolare di organoidi. Vengono generati organoidi dal cancro del colon-retto, da malattie del peritoneo (metastasi peritoneali da cancro del colon-retto e pseudomixoma peritoneo) e da corrispondenti tessuti normali, da utilizzare per identificare nuovi bersagli e sviluppare nuovi approcci terapeutici. In particolare, l'unità sta sviluppando modelli ingegnerizzati in 3D in cui organoidi derivati da metastasi peritoneali sono coltivati su impalcature naturali per integrare le caratteristiche chiave delle cellule tumorali e del loro microambiente circostante e determinare gli eventi molecolari che supportano la formazione della nicchia metastatica peritoneale. 


The main research areas of the Molecular Epigenomics Unit, of the Department of Experimental Oncology, are cancer classification using coding and non-coding transcripts to better understand the human transcriptome. In particular, the unit has gained extensive and documented expertise in omics analyses of genes and microRNA in colorectal cancer to identify minimally invasive (liquid biopsy) tumor-related biomarkers that can be used for early diagnosis and/or prognosis of cancer, while also contributing to a deeper understanding of the molecular pathogenesis of the disease.

The unit's interests have recently expanded to include the development of 3D models, particularly organoids. Organoids are generated from colorectal cancer, peritoneal diseases (colorectal cancer peritoneal metastases and pseudomyxoma peritonei) and corresponding normal tissues, to be used to identify new targets and develop novel therapeutic approaches. Specifically, the unit is developing 3D engineered models in which organoids derived from peritoneal metastases are grown on natural scaffolds to integrate key features of tumor cells and their surrounding microenvironment and determine the molecular events that support the formation of the peritoneal metastatic niche.