Presentazione:

Il Direttore Scientifico deve essere in possesso di laurea specialistica in materie sanitarie e di comprovate capacità scientifiche e manageriali; è nominato dal Ministro competente in materia di Sanità, sentito il Presidente della Regione Lombardia. 
Il Direttore Scientifico promuove e coordina l'attività di ricerca scientifica della Fondazione e gestisce il relativo budget, concordato annualmente con il Direttore Generale sulla base del bilancio approvato e degli indirizzi del Consiglio di Amministrazione e la cui misura, in ogni caso, non può essere inferiore ai finanziamenti destinati alla Fondazione dal Ministero competente in materia di sanità e da altri enti pubblici e privati per l'attività di ricerca. 

Il Direttore Scientifico esprime altresì parere obbligatorio al Direttore Generale sulle determinazioni inerenti le attività cliniche e scientifiche , le assunzioni  e l'utilizzo del personale medico e sanitario non medico.

Il Direttore Scientifico stipula con la Fondazione un contratto di lavoro di diritto privato, a termine e di natura esclusiva, di durata pari a quella prevista nel decreto ministeriale di nomina, fatte salve le ipotesi di revoca.

Il trattamento economico del Direttore Scientifico é commisurato a quello del Direttore Generale. 

Il Direttore Scientifico partecipa di diritto al Collegio di Direzione.