Materiale S.S. Bioinformatica e Biostatistica
Materiale
FCI
Descrizione
Algoritmo in linguaggio R per l'analisi statistica di dati derivanti da esperimenti di PCR real-time per la quantificazione assoluta di acidi nucleici.
Referenza
Verderio P et al. BMC Bionformatics, 2008; 9:13 (PDF)
Materiali scaricabili
La cartella compressa FCI.zip contiene i seguenti file:
- Guida all'utilizzo di FCI (Guida_utilizzo_FCI.pdf)
- Dataset di esempio (example_data.csv)
- Algoritmo FCI in linguaggio R (FCI_1_3.txt)
- Codice con i comandi per importare i dati, implementare l'algoritmo FCI e visualizzare i risultati (FCI_run.txt)
- Guida all'interpretazione dei risultati (Guida_interpretazione_risultati.pdf)
- Output prodotto dall'algoritmo FCI (FCI_output.pdf)
- Figura prodotta dall'algoritmo FCI (FCI_figura.pdf)
- Versioni precedenti dell'algoritmo (FCI_1_2.txt, FCI_1_1.txt)
NqA
Descrizione
Algoritmo in linguaggio R utile per l'identificazione di un ridotto numero di microRNA da utilizzare per la normalizzazione di dati derivanti da esperimenti di qPCR ad alta dimensionalità (high-throughput qPCR) in vista di futuri studi di validazione.
Referenza
Verderio P et al. Analytical Biochemistry, 2014
Materiali scaricabili
La cartella compressa NqA.zip contiene i seguenti file:
- Guida all'utilizzo di NqA e all'interpretazione dei risultati (userguide_NqA.pdf)
- Dataset di esempio (1.1Inputfile.dat, 1.2Inputfile.dat)
- Algoritmo NqA in linguaggio R (NqA_code.R)
- Codice con i comandi per importare i dati, implementare l'algoritmo NqA e visualizzare i risultati (NqA_output.pdf)
- Output prodotto dall'algoritmo NqA (NqA_output.pdf)
- Figura prodotta dall'algoritmo NqA (NqA_figura.pdf)