Il Programma Prostata è un Progetto Speciale della Direzione Scientifica della Fondazione, traslazionale e multidisciplinare, che integra la competenza e l'esperienza di ricerca epidemiologica, sperimentale, clinica-assistenziale e relazionale nel paziente affetto da cancro della prostata.
Attivo dal 2004, il Programma Prostata, diretto dal Dott. Giuseppe Procopio e co-diretto dalla Dr.ssa Nadia Zaffaroni, è strutturato in un Gruppo Multidisciplinare Preclinico (biologi, epidemiologi, statistici, tecnici di laboratorio, ecc.), un Gruppo Multidisciplinare Clinico (urologi, oncologi radioterapisti, oncologi medici, psicologi, patologi, fisici medici, radiologi, esperti in terapie di supporto e palliative) e un team di progetto multiprofessionale (project manager, esperti in modellistica predittiva, data entry e data manager, segretaria pazienti, segretaria scientifica). 
Il Programma Prostata ha in corso oltre venti linee di ricerca preclinica, clinica, epidemiologica e psicologica-relazionale, ha una banca per la raccolta del materiale biologico dal 2007, promuove attività di formazione (interna ed esterna), educazione, comunicazione e sensibilizzazione, e implementa iniziative di fund raising.

L’approccio alla ricerca e alla pratica clinica è di tipo multidisciplinare e multiprofessionale. Le competenze interdisciplinari e le diverse professionalità si integrano e completano per raggiungere nuovi risultati nella ricerca e, al contempo, ottimizzare il percorso diagnostico e terapeutico del paziente con tumore della prostata. La gestione multidisciplinare del paziente con tumore della prostata, attiva dal 2005, è stata formalizzata come Prostate Cancer Unit nel 2009, con successivi aggiornamenti nel 2013, nel 2017 e nel 2020.

Il Programma Prostata è centro di riferimento a livello internazionale per la Sorveglianza Attiva, atteggiamento osservazionale proposto ai pazienti con malattia a rischio basso o molto basso in alternativa ai trattamenti radicali (prostatectomia, radioterapia, brachiterapia), e coordina i centri italiani che partecipano al protocollo internazionale PRIAS (Prostate Cancer Research International: Active Surveillance) sotto l’egida della Società Italiana di Urologia Oncologica (SIUrO).