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Servizio di Genomica Funzionale

Il servizio di genomica Funzionale della Fondazione IRCCS Istituto Nazionale Tumori ha iniziato la sua attività alla fine del 2007. Le attività del gruppo sono basate su analisi sperimentali effettuate tramite piattaforma Illumina e su analisi computazionali.

Responsabile: Dr.ssa Silvana Canevari
Silvana.Canevari@istitutotumori.mi.it, Tel.: 02 2390 2567
Fax: 02 2390 3073

Staff

Dr. Loris De Cecco, Biologo CO.CO.CO
e-mail: loris.dececco@istitutotumori.mi.it , Tel. 02 2390 2270
Sig. Edoardo Marchesi, Tecnico
e-mail: edoardo.marchesi@istitutotumori.mi.it , Tel. 02 2390 2270

Partecipano attivamente all'attività del servizio:

Dr.ssa Silvana Canevari, Biologa
e-mail: silvana.canevari@istitutotumori.mi.it, Tel. 02 2390 2567
Dr.ssa Vera Cappelletti, Biologa
e-mail: vera.cappelletti@istitutotumori.mi.it, Tel. 02 2390 2700
Dr.ssa Rosaria Orlandi, Biologa
e-mail: rosaria.orlandi@istitutotumori.mi.it, Tel. 02 2390 2563
Dr.ssa Maria Luisa Sensi, Biologa
e-mail: marialuisa.sensi@istitutotumori.mi.it, Tel. 02 2390 2633
Dr.ssa Marina Bagnoli, Biologa Collaboratrice
e-mail: marina.bagnoli@istitutotumori.mi.it, Tel. 02 2390 2569
Dr. Maurizio Callari, Biotecnologo Borsista
e-mail: maurizio.callari@istitutotumori.mi.it, Tel. 02 2390 3053

Attività

Sulla piattaforma Illumina sono possibili un ampio spettro di analisi di DNA ed RNA qui elencate:

analisi genotipica genome-wide e analisi di Copy Number Variation con Infinium HD BeadChips;
profili di metilazione genome-wide utilizzando HumanMethylation27 BeadChip che possono qualitativamente interrogare 27,578 CpG loci corrispondenti a più di 14,000 genes a una risoluzione a livello di singolo nucleotide;
analisi di espressione genica globale per RNA umano basato sulle informazioni derivate dal National Center for Biotechnology Information Reference Sequence (NCBI RefSeq) database (Build 36.2, Release 22);
profili di espressione genica da RNA derivati da tessuti fissati in formalina e inclusi in paraffina (FFPE) per un totale di 24,000 transcritti usando cDNA-mediated annealing, selection, extension, and ligation assay (DASL);
profili di espressione di miRNA umani basati su DASL e capaci di misurare il livello di 1146 miRNA (copertura del 97% dei miRNA descritti nel miRBase database Release 12.0).

Il gruppo si occupa del controllo di qualità di RNA e DNA ed effettua le procedure di marcatura e ibridizzazione. Ad oggi la capacità di processazione del gruppo può essere valutata in 2000 campioni all'anno.

In attiva collaborazione con la struttura di Statistica medica, Biometria e Bioinformatica il gruppo partecipa al disegno dello studio, alla normalizzazione dei dati e alla loro elaborazione computazionale.

Il gruppo svolge anche l'attività di analisi computazionale e funzionale sia sui dati generati sulla piattaforma Illumina sia su dati disponibili in letteratura. Le analisi computazionali sono effettuate usando l'open source Bioconductor 2.1 Software Package e il programma R; le interazioni tra le proteine candidate sono valutate usando Ingenuity Pathway Analysis 5.0 (Ingenuity Systems Inc,CA, USA). Ad oggi il gruppo ha elaborato analisi usando datasets pubblici di ovaio, mammella, tiroide, tumore della prostata, melanoma e linfoma B.

Ultimo aggiornamento: martedì 29 settembre 2009